长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类长度大于200 nt的非编码RNA，缺少或无开放阅读编码框（opening reading frame，OFR）；并不一定都带多聚核苷酸尾，在数量上远低于编码蛋白基因（mRNA）；与编码蛋白基因相比，具有更高的组织器官特异性，并且物种间的保守序列低（<10%）。
lncRNA广泛存在于各种生物体内，在表观遗传、转录以及转录后等多种水平上对生命活动进行关键性的调控，与动植物的生长发育，人类的疾病发生有着密切关系，也可作为疾病诊断的标志物或是重要靶点。近年来关于lncRNA的研究也越来越热门，文章数量也越来越多，这不上周小编就发过文章：Plant Journal:番茄lncRNA16397与致病疫霉抗性产生机制研究。
说了这么多，你是不是想问做lncRNA研究，要准备啥呢？
既然你诚心诚意的问了，那么小编就谦虚的告诉你一下好了~
想做lncRNA研究，需要注意非常重要的两点：一是研究的物种必须有参考基因组；二是这个物种能做去除核糖体RNA（rRNA）处理，同时满足这两个条件即可。
今天就先来教大家解决第一个问题：如何查找参考基因组。
这个时候需要用到三个网站：
Ensemble：http://www.ensembl.org【适用于动物参考基因组查找，网站也包括动物、植物及真菌基因组等】JGI（Phytozome）：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#【适用于植物参考基因组查找，网站也包括动物等其他物种，这个网站植物基因组更新比较快，动物基因组更新较慢】
NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/【使用前两个网站进行查找后，如果没有得到结果，可以再到NCBI试试】
一．利用Ensemble查找动物参考基因组
1．打开网站：http://www.ensembl.org；点击下拉框，可以选择进入不同子数据库，脊椎动物、后生动物等，根据研究的物种选择：
2.以human为例，选择脊椎动物类，进入下一页面：
3.在右侧查找框中输入“human”，点击搜索：
4.选择你需要的内容（红色方框所示），点击进去可以查看，也可以下载：
5.这个页面选择你想要下载的点击下载（红色框标记内容），这样就查找并下载到了一个参考基因组，如果你输入进去的物种没有出现任何序列信息，可以去NCBI中确认一下，如果也没有，那就说明这个物种不适合做lncRNA分析。
PS：这个网站还有其他的功能，如BioMart 批量下载数据（序列、突变信息、注释信息、同源基因信息等），这里只教大家查找参考基因组。
二：JGI（Phytozome）植物参考基因组查找
1.打开网址：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#；点击“species”（如下图）或者点击红色框中的图片，再输入基因序列号即可查找到序列:
2.植物有参考基因组的物种数不是很多，直接在species中也可以查看，可不需要搜索。如果这个网站没有对应的参考基因组，则需要去NCBI上试试看。
3.点击download下载数据：
PS：这个数据也可以进行一些其他的分析，如下图：
动物和植物的参考基因组查找就讲完了，以上两个网站基本包括了目前已有参考基因组的物种，如还想确认，可进入NCBI查询。
三．NCBI查询也比较简单，下拉框中选择“Genome”，在搜索框中输入物种名，根据得到的结果选定你需要的基因(红色框标记内容)，打开查看或者下载就好了。
今天的内容就讲完了，主要是解决了第一个问题，如何查找参考基因组信息，下期将继续来说明第二个问题：你做的物种是否能做去除核糖体RNA（rRNA）处理。
如有问题，欢迎大家留言给小编一起讨论哦~
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