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祝贺联川客户继Nature后又发一篇Nature Genetics

作者:联川生物技术公司 2018-09-18T16:03 (访问量:3951)

中文标题:3'UTR缩短通过破坏ceRNA网络来反式抑制肿瘤抑制基因

英文标题:3′ UTR shortening represses tumor-suppressor genes in trans by disrupting ceRNA crosstalk

客户单位:德克萨斯大学医学分院生物化学与分子生物学系

发表期刊:Nature Genetics

影响因子:27.125


2014年,联川生物合作客户休斯敦德克萨斯大学医学院Eric J. Wagner博士,Ann-Bin Shyu博士,和贝勒医学院李蔚博士共同领导的一项临床前研究,找到一种蛋白可用于抑制或加速小鼠脑瘤的生长,相关研究成果发表在《Nature》上,其中RNA-seq由联川生物承担完成。近日,还是同一批作者,其ceRNA研究成果荣登《Nature Genetics》,文章利用在2014年《Nature》文章中的RNA-seq数据及其它研究分析发现,3'UTR缩短在抑制反式抑癌基因中的主要作用是通过破坏ceRNA crosstalk而不是诱导顺式原癌基因。


在《Nature》一文中,研究人员采用了包括RNA干扰,转录组测序,新数据算法(DaPars),动物活体实验等多种技术,鉴定出CFIm25在控制可变多聚腺苷酸化(APA)中发挥关键作用,在CFIm25表达下降的胶质母细胞瘤中鉴定出一组CFIm25调控的具有缩短的3′ UTRs的APA基因。进一步活体实验发现,在胶质母细胞瘤细胞中CFIm25表达下调会促进致瘤性并增加肿瘤大小,而CFIm25过表达则会降低致瘤性并抑制肿瘤生长,进而找到了CFIm25与胶质母细胞瘤致瘤性的关联(详情请戳:祝贺联川生物客户在《自然》发表重要研究成果)。

在《Nature Genetics》一文中作者继续探讨了与3′ UTRs(3'US)缩短相关的调控途径,并发现3'UTR缩短通过破坏ceRNA crosstalk抑制抑癌基因。具体内容详述如下:


摘要 通过可变多聚腺苷酸化(APA),3'US发生在细胞增殖和转化期间。本研究报道了NUDT21介导的3'US促进胶质母细胞瘤的生长,进一步强调了其对肿瘤发生的重要性。一个普遍的假设是它通过逃避miRNA介导的抑制顺式诱导原癌基因表达。实际上,已经证明几种已被充分表征的致癌基因如CCND1利用3'US来增加其蛋白质水平,但主要是在细胞系中。

本研究报道了转录物中丰富的3'US,这些转录物被预测为肿瘤抑制基因的竞争性内源性RNA,即ceRNA。基于模型的3'US反式效应分析(MAT3UTR)揭示了改变ceRNA表达的重要作用。MAT3UTR预测3'US的许多反式靶标,包括一个关键的抑癌基因PTEN和9个3'US基因参与ceRNA crosstalk,包括EPS15和NFIA。敲除一种主要的3'US调节因子——NUDT21,其以miRNA依赖性方式反式抑制抑癌基因如PHF6和LARP1。

虽然已简要提出可以根据3'US分析ceRNA crosstalk,但对97个乳腺癌RNA-Seq数据的MAT3UTR分析以及功能验证表明3'US在反式抑制抑癌基因中具有广泛的调控作用。 虽然反式效应进一步强调了APA在肿瘤进展中的重要性,但它也提供了额外的基因调控层,并强调需要进一步研究可能扰乱ceRNA crosstalk的其他潜在机制,如RNA编辑和与RNA结合蛋白的竞争。

总之,分析结果表明3'US在抑制反式抑癌基因中的主要作用是通过破坏ceRNA crosstalk而不是诱导顺式原癌基因。

图 文章部分图表展示


文章就介绍到这里了,是不是很腻害!2014年发了《Nature》后,时隔4年又发了《Nature Genetics》,真真是一个高质量、高产的课题组。

不过说到这里,小编也总结出一个规律,4年前李蔚博士团队抓住了miRNA这个热点,4年后他们又抓住了ceRNA这个热点,热点抓得好,发文没烦恼~

SO~2018年的国自然热点你Get了吗?

图 国自然热点项目数量分析


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