上期给大家普及的怎么大规模鉴定miRNA靶基因的知识你还记得吗？你还记得答案吗？没错，答案就是降解组测序呐！这个大家一定要记住，降解组测序是miRNA靶基因鉴定的首选利器，利用好这个神器，你就会有大大滴收获哦~也许会给你带来一些新的idea，或者你也可以跟我们联系，我们一起来创造新奇的idea~如何？

先不说别的了，小编迫不及待的想给大家介绍一下我们客户的研究思路了，Follow me，一起来看看他们都是如何设计实验的吧~

壹

联合分析鉴定菜用大豆冷胁迫响应miRNA及其靶基因

Identification of chilling-responsive microRNAs and their targets in vegetable soybean (Glycine max L.)

研究物种：菜用大豆(Glycine max L.)

发表期刊：Scientific Reports（2016）

IF：5.228

发表单位：浙江省农科院

目的：

探究菜用大豆(Glycine max L.)冷胁迫过程中响应的miRNA，并对其进行系统鉴定和功能性分析，阐释抗寒分子机制。

取材：

4 °C冷处理组菜用大豆叶片，对照组菜用大豆叶片

主要工具：

小RNA测序、降解组测序

数据分析：

miRNA及其靶基因鉴定，miRNA差异表达分析，GO富集分析，mRNA与miRNA联合分析图表展示：

图 菜用大豆miRNA靶基因GO富集分析

结果：

1.利用Illumina Solexa系统进行测序，结果鉴定出434个已知miRNA和3个新miRNA。随机抽取35个miRNA通过qRT-PCR分析进行验证。

2.运用降解组测序鉴定这些miRNA的靶基因，结果898个转录本被确定为54个miRNA家族的靶基因，并被分为5类。更重要的是，确定了51个在冷胁迫和正常条件下差异表达的miRNA。这些miRNA的靶基因功能富集在氧化还原、信号传导、代谢过程。

3.实时荧光定量PCR分析证实miRNA及其靶基因在冷胁迫下呈负相关关系。

贰

多组学联合分析揭示杨树应答锈菌侵染的机制

MicroRNA-mediated susceptible poplar gene expression regulation associated with the infection of virulent Melampsora larici-populina

研究物种：松杨栅锈菌（Melampsora larici-populina）

发表期刊：BMC Genomics（2016）

IF：3.986

发表单位：东北林业大学

目的：

研究杨树对松杨栅锈菌的易感性

取材：

virulent E4和 virulent E1，杂交杨树‘Robusta‘

主要工具：

小RNA测序、降解组测序，DGE测序

数据分析：

miRNA鉴定与表达分析，靶基因鉴定，mRNA与miRNA联合分析

图表展示：

图 杨树应答锈菌感染的miRNA和其靶基因的转录后分析

结果：

1.通过高通量测序分别对接种过锈菌和未接种锈菌的易感性杨树“Robusta”进行sRNA文库、降解组cDNA文库及数字基因表达谱（DGE）文库构建。结果共鉴定出12,722种相互调节作用。这个结果描绘出受到强毒性锈菌感染的易感性杨树基因表达的转录后调控框架。

2.强毒性锈菌E4感染诱发病原体相关分子模式（PAMPs）和PAMP引发的免疫反应，且在这个阶段miRNA仍在发挥作用。这个阶段之后，miRNA调控的R基因，如TIR-NBS-LRR 和 CC-NBS-LRR就不完全发挥作用。此外，参与锈菌应答的miRNA不调控与水杨酸介导的通路或超敏反应相关的信号组成基因。

3.结果表明，易感性杨树“Robusta”防御相关的转录后调控只在PAMPs和PAMP引发的免疫反应(PTI)阶段正常发挥作用。更重要的是，在效应分子引发易感性阶段和接下来的水杨酸通路和超敏反应中，miRNA介导的防御信号通路基因的转录后调控被强毒性锈菌钝化。这种钝化是“Robusta”易感性的主要特征。

叁

以上两个案例讲的是降解组测序在鉴定miRNA靶基因中的应用，但降解组测序的应用场景不仅仅如此哦，下面跟着小编一起来看看下面这篇发表在Genome Biology上的11.313分的文章，看他用降解组测序做了啥~↓↓↓

冷胁迫下二穗短柄草中不加帽mRNA分析揭示mRNA特异性降解及内切核苷酸裂解途径

A global profiling of uncapped mRNAs under cold stress reveals specific decay patterns and endonucleolytic cleavages in Brachypodium distachyon.

研究物种：二穗短柄草 （Brachypodium distachyon ）

发表期刊：Genome Biology（2013）

IF：11.313

发表单位：中国科学院植物研究所

目的：

研究mRNA降解在应对环境压力中所起的作用

取材：

冷处理二穗短柄草

主要工具：

降解组测序，qSL-RT-qPCR

数据分析：

mRNA鉴定与表达分析，5’-RACE分析，GO分析

图表展示：

图 mRNA稳定性的变化和冷胁迫过程中脱帽介导的降解产物

结果：

1.对冷胁迫下二穗短柄草中不加帽mRNA进行mRNA末端平行分析（PARE）。富集分析结果表明由PARE检测到的降解产物主要由脱帽途径产生。通过检测内切核苷酸的裂解，揭示调节基因表达的另一种途径。

2.PARE和RNA测序分析鉴定出mRNA的四种衰减类型。II型衰减过程中，基因在应对冷胁迫时，其光捕获过程中的GO分析结果显示转录物丰度不变，但不加帽转录物丰度发生了改变。

3.光捕获相关基因的不加帽转录物稳定性的显著改变，可能是为了快速调整光合作用活性，以应对寒冷的环境。

4.III型衰减过程中，基因在应对冷胁迫时，其转录物丰度和不加帽转录物丰度的变化相反，表明脱帽介导的mRNA降解在调节基因表达中起到一定作用。

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